Aydoğan’ın duruşması Diyarbakır 2. Ağır Ceza Mahkemesi’nde görüldü. 2011 yılında katıldığı 5 ayrı eylem ve etkinlik nedeniyle "Örgüt propagandası yapmak", "Örgüt üyesi olmak" ve "2911 Toplantı ve Gösteri Yürüyüşleri Kanununa muhalefet etmek" ile suçlanan Aydoğan, karar duruşmasında yaptığı savunmasında halen milletvekili olduğunu, yasama dokunulmazlığının devam ettiğini söyledi. Terörist cenazelerine ve yürüyüşlere örgüt çağrıları doğrultusunda değil Diyarbakır milletvekili olduğu için katıldığını belirten Aydoğan, katıldığı etkinlikler üzerinden cezalandırılmasının istenmesini kabul etmediğini dile getirerek, beraatını istedi.
Avukatlarının savunmalarının ardından mahkeme heyeti, kararını açıkladı. Mahkeme, Aydoğan hakkında "Örgüt propagandası yapmak" ve "Toplantı Gösteri Yürüyüşleri Kanununa muhalefet etmek" suçlarından açılan kovuşturmanın ertelenmesine karar verdi. Kararda, Aydoğan’ın katıldığı 5 ayrı basın açıklaması, yürüyüş ve terörist cenaze törenleri nedeniyle "Örgüt üyesi olmamak ile birlikte örgüt adına suç işlemek" suçundan 4 yıl 8 ay 7 gün hapis cezası verildi. Kararda ayrıca, cezanın infazı tamamlanıncaya kadar Aydoğan’ın seçme ve seçilme hakkından yoksun bırakılmasına karar verildi.
Mahkemenin oy çokluğu ile verdiği kararda, bir hakim karşı oy kullandı.
